问题
原因
解决办法
DNA完全没有被内切酶切割
1)内切酶失活
标准底物检测酶活性
2)DNA不纯，含有SDS，酚，EDTA等内切酶抑制因子
将DNA过柱纯化，乙醇沉淀DNA
3)条件不适（试剂、温度）
检查反应系统是否最佳
4)DNA酶切位点上的碱基被甲基化
换用对DNA甲基化不敏感的同裂酶酶解，重新将质粒DNA转化至dcm-，dam-基因型的细菌菌株
5)DNA酶切位点上没有甲基化（如Dpn I）
换用不同切割非甲基化位点的同裂酶消化DNA（如San3AI代替Dpn I)，重新将质粒转至dcm+ dam+菌株中扩增
6)DNA位点上存在其它修饰
将DNA底物与λDAN混匀进行切割验证
7)DNA不存在该酶识别顺序
换用其它的酶切割DNA或过量酶消化进行验证
DNA切割不完全
1)内切酶活性下降
用5-10倍量过量消化
2)内切酶稀释不正确
用酶贮藏液或反应缓冲液稀释酶
3)DNA不纯，反应条件不佳
同上
4)内切酶识别的DNA位点上的碱基被甲基化或存其它修饰
5)部分DNA溶液粘在管壁上
反应前离心数秒
6)内切酶溶液粘度大，取样不准
将内切酶稀释，增大取样体积
7)酶切后DNA粘末端退火
电泳前将样品置65℃保温5-10分钟，取出后置冰浴骤冷
8)由于反应溶液、温度、强烈振荡使内切酶变性
使用标准反应缓冲液及温度，避免强烈振荡
9)过度稀释使酶活性降低
适当稀释酶液，反应液稀释的酶不能贮藏
10)反应条件不适
使用最佳反应体系
11)识别位点两侧插入了可影响酶切效率的核酸顺序
加大酶量5-10倍
DNA片段数目多于理伦值
1)内切酶星状活性
检查反应条件：甘油浓度大于12%，盐度过低，Mn2+的存在及酶：DNA值过大均均可导致星状活性，降低酶的用量
2)其它内切酶污染
用λDNA作底物检查酶切结果
3)底物中含其它DNA杂质
电泳检查DNA，换用其它酶切，纯化DNA片段
酶切后没有观察到DNA片段的存在
1)DNA定量错误（如RNA含量较高）
用RNA酶A（无DNA酶）100ug/ml消化DNA样，酚抽提后沉淀溶解，定量
2)在酶切反应液中形成非特异的沉淀
在反应前透析DNA样品或用酒精沉淀二次
内切酶保存期内快速失活
1)保存温度不合适
内切酶贮藏在含50%甘油的贮藏液中，应在-20℃低温保存
2)以稀释形式保存
稀释酶液不宜长期存放，应一次使用
3)贮藏缓冲液不适当
使用厂家推荐的贮藏缓冲液
4)低蛋白浓度
内切酶与500ug/ml的BSA一起保存
电泳后DNA片段的带型弥散，不均一
1)DNA上结合有蛋白质
电泳前上样液65℃加热5min，并加入0.1%的SDS，酚/氯仿抽提纯化
2)内切酶中含有DNA外切酶
减少酶用量或消化时间，换用新包装的酶
酶切后的DNA片段连接效率低
1)含磷酸盐的浓度高
透析，乙醇沉淀去除磷酸盐
2)内切酶失活不全或含有ATP酶
延长灭活时间或用酚抽提，乙醇沉淀回收DNA
3)平末端连接
加大T4 DNA Ligase用量
4)外切酶污染
减少酶用量，缩短保温时间，酚抽提回收DNA
5)连接缓冲液不合适
重新配制连接缓冲液